Из-за наличия аномальных генов, которые передаются от одного поколения к другому, возникают болезни, которые называют наследственными.

Точно так же, как у людей и других животных, у кошек есть определенные наследственные болезни. Конечно у наших породистых питомцев такие заболевания возникают чаще, чем у беспородных «пушистиков». Это из-за того, что породистые животные подвержены селективному отбору и инбридингу. Это необходимо при поддержании породы и для того, что б закрепить в породе определенные особенности. А так, как чаще всего породы основываются это на каких-то врожденных аномалиях, то последствия очень непредсказуемы. 

Ученые в области генетики достигли больших успехов. Благодаря этому сейчас возможно идентифицировать генные дефекты, которые связаны с наследственными болезнями. Понимая их генетическую основу и используя диагностические тесты многих кошек и носителей поврежденных генов можно определить заранее.

Когда нарушения находятся в какой-то определенной паре генов, то заболевания имеют простую генетическую основу. Но часто механизм передачи наследственных аномалий намного сложнее. Причиной многих заболеваний является сочетание отклонений в нескольких генах сразу (полигенные нарушения).

Для простых генетических отклонений намного проще разработать диагностические тесты и выявить простые отклонения легче.

Сейчас много диагностических лабораторий, где проводят тесты ДНК и выявляют генетические отклонения. Есть даже ДНК тесты с помощью которых можно определить гены отвечающие за окрас кошки.

Из-за инбридинга, который применяют селекционеры, что бы закрепить признаки породы, риск наследственных дефектов увеличивается. Именно по этим причинам у породистых питомцев намного чаще встречаются наследственные болезни.

Бывает, что наследственные заболевание специально поддерживают, что бы добиться определенных особенностей у кошек. Например, в породе шотландской вислоухой или персидской, манкс..У этих пород отличительные породные признаки основаны именно на мутации генов, вредных и опасных для кошки.

Если механизм наследования простой и существуют доступные тесты ДНК, контролировать наследственные заболевания не трудно. Но в обратном случае все становится гораздо сложнее.

Таким примером борьбы с наследственными заболеваниями является поликистоз почек у персов. В прошлом, 50% и более персидских кошек страдали от этого заболевания. Оно часто приводило к развитию хронической почечной недостаточности и преждевременной смерти кошки.

Было выяснено, что поликистоз наследуется простым аутосомно-доминантным способом. То есть за него отвечает один определённый ген. В каждой клетке тела гены представлены парой, по одной на каждой из двух цепочек ДНК (хромосом).

Для заболеваний такого типа не существует понятия носителей (здоровых кошек с дефектным геном), все кошки, у которых есть дефектные гены, становятся больными.

Прежде поликистоз у кошек выявляли по результатам УЗИ почек, но сейчас стали доступными точные ДНК-тесты (выполняемые по образцам крови или мазкам изо рта). Кошек с дефектными генами можно легко выявлять и выводить из селекционных программ. 

Наиболее распространённые наследственные заболевания кошек:

• Альфа-Маннозидоз
• Несовместимость групп крови 
• Бурмезский дефект головы
• Глухота
• Миопатия Девон Рэксов
• Ганглиозидоз
• Гликогеноз VI типа
• Гипертрофическая кардиомиопатия
• Гипертрофическая мышечная дистрофия
• Гипокалиемическая полимиопатия
• Манкс-синдром
• Мукополисахаридоз
• Болезнь Ниманна-Пика (сфингомиелиноз)
• Остеохондродисплазия шотландских вислоухих кошек
• Поликистоз почек
• Полидактилия
• Прогрессирующая атрофия сетчатки
• Дефицит пируваткиназы
• Спинально-мышечная атрофия у Мейн-кунов

Некоторые кошачьи породы были намеренно выведены для усиления определённых экстремальных внешних особенностей или характеристик.

Это такие заболевания, как:

• Кошачий орофациальный болевой синдром
• Сахарный диабет у Бурмезских
• Астма у Восточно-ориентальных
• Синдром плоской груди у котят у Бурмезских
• Медиастинальная лимфома у Восточно-ориентальных
• Вывих надколенника
• Дисплазия тазобедренного сустава
• Стеноз или дисфункция пилоруса у Восточно-ориентальных
• Амилоидоз
• Небольшие кишечные аденокарциномы у Восточно-ориентальных
• Страбизм (косоглазие) у Восточно-ориентальных